Hugh Jackman, Haruhiko Yamanouchi, Tao Okamoto, Rila Fukushima, Hiroyuki Sanada

Nel 1945, Logan è tenuto prigioniero in una cella sotterranea a Nagasaki. Durante lo scoppio della bomba atomica, Logan salva un soldato di nome Yashida che rimane piuttosto sorpreso dai poteri del mutante.

Ai giorni nostri, Logan vive come un eremita, in voluto isolamento sulle montagne dello Yukon, dove sperimenta allucinazioni riguardo a Jean Grey, la donna mutante che amava e che è stato costretto a uccidere tempo prima. Per questo Logan si è imposto di non fare più del male a nessuno nella sua lunghissima vita da immortale. Viene localizzato da Yukio, una giovane mutante che ha il potere di prevedere le morti altrui, al servizio di Yashida, ora divenuto il capo di una potente corporazione tecnologica in Giappone. Yashida sta morendo e vorrebbe che Yukio portasse Logan in Giappone per dirgli addio e ringraziarlo per avergli salvato la vita nel 1945.

Riluttante, Logan accetta e si reca a Tokyo. Qui fa la conoscenza di Mariko, la nipote di Yashida, e di Shingen, il figlio di Yashida. Il vecchio e morente Yashida fa una proposta a Logan: trasferire le straordinarie abilità rigenerative di Logan nel suo corpo per diventare immortale al suo posto. Yashida, infatti, capisce che Logan vede il dono dell'immortalità come una maledizione, ormai. Logan tuttavia rifiuta e decide di andarsene il giorno dopo. Nella notte Viper, la dottoressa che segue Yashida, introduce qualcosa nel corpo del mutante; Logan, però, scambia tutto ciò per un incubo, non preoccupandosene.

Il giorno dopo Yashida muore. Durante il funerale la Yakuza tenta di rapire Mariko. Logan cerca di salvarla ma viene ferito, accorgendosi di non riuscire più a guarire instantaneamente come prima...