Coulson è stato effettivamente ucciso da Loki, era proprio morto, ma Fury lo ha praticamente resciuscitato.
Lo ha trasportato in un laboratorio segreto dove tenevano un Alieno (rivelatosi poi un Kree, come hai visto nei Guardiani della Galassia) su cui facevano esperimenti da anni, e da cui avevano sintetizzato un siero particolare, che iniettato a Coulson lo ha riportato indietro dalla morte.
Questo diciamo è un sunto molto sbrigativo...